20世纪五十年代末周永昌教授等开创了超声医学事业，被誉为“中国超声诊断发源地”。1963年陈中伟教授、钱允庆教授等在我院成功施行了国际医学史上第一例断肢再植手术，从此医院被誉为我国断肢再植的摇篮。1978年，于仲嘉教授研究成功“手或全手指缺失的再造技术”，荣获国家发明一等奖。1980年林超鸿教授成功培养了我国第一株胃癌细胞株。2003年，项坤三教授因长期从事及参与****个青年起病的成人型糖尿病致病基因染色体定位和****个2型糖尿病相关基因的研究，并**在国内发现了线粒体基因突变糖尿病而当选为中国工程院院士。
医院设有上海交通大学市六临床医学院、上海市四肢显微外科研究所、上海市糖尿病研究所、中国上海国际四肢显微外科培训中心、上海市医学超声培训中心、上海交通大学影像医学研究所、上海交通大学耳鼻咽喉研究所、上海交通大学创伤骨科研究所和上海交通大学糖尿病研究所。是上海交通大学、上海中医药大学及苏州大学的研究生教育基地，有博士培养点31个，博士生导师58位，硕士培养点45个，硕士生导师130位。也是全国医学进修基地之一，每年承担近60项***继续医学教育项目。医院的骨外科、内分泌与代谢病学、心血管病学是***重点学科；四肢显微外科、内分泌代谢科、介入影像学是上海市重点学科；先后经上海市人民政府批准设立上海市创伤骨科临床医学中心和上海市糖尿病临床医学中心；国家中医药管理局批准设立全国综合性医院示范中医科；上海市卫生局批准成立上海市急性创伤急救中心、上海市传染病专科诊治中心和上海市危重孕产妇会诊抢救中心；耳鼻咽喉科、泌尿外科、普外科、血液内科、麻醉科、超声医学科、心血管内科、妇产科为上海交通大学医学院重点学科。
医院2010年门急诊量达237.7万人次，出院病人数6.6万人次，手术5.9万人次。医院从1963年以来获得国家、省部（市）等各级各类奖项202项，其中国家发明一等奖1项、国家科技进步二等奖3项、其他***奖13项、省部（市）及其他级奖项188项；2009年SCI及EI论文收录151篇，居全国医院系统排名第11位，上海市医院系统第二位。医院2004年获全国卫生系统先进集体、2005年获全国文明单位、2006年获全国五一劳动奖状、2007年获全国厂务公开民主管理先进单位、2008年获2005－2007年度全国医院管理年活动先进单位称号、2009年蝉联全国文明单位。
